MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Lactobacillus reuteri SD2112 plasmid pLR581

Total Repeats: 255

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015700	TAA	2	6	13	18	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_015700	TATT	2	8	20	27	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_015700	A	6	6	92	97	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015700	T	6	6	124	129	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_015700	CTG	2	6	230	235	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338202320
6	NC_015700	TTTTA	2	10	242	251	20 %	80 %	0 %	0 %	338202320
7	NC_015700	T	6	6	284	289	0 %	100 %	0 %	0 %	338202320
8	NC_015700	ATC	2	6	305	310	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202320
9	NC_015700	TAA	2	6	325	330	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202320
10	NC_015700	TCA	2	6	354	359	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202320
11	NC_015700	CTT	2	6	455	460	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338202320
12	NC_015700	T	6	6	497	502	0 %	100 %	0 %	0 %	338202320
13	NC_015700	CAT	2	6	542	547	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202320
14	NC_015700	CTT	2	6	556	561	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_015700	TAT	2	6	584	589	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202321
16	NC_015700	TTG	2	6	681	686	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202321
17	NC_015700	CT	3	6	767	772	0 %	50 %	0 %	50 %	338202321
18	NC_015700	GTT	2	6	779	784	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202321
19	NC_015700	AGT	2	6	834	839	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202321
20	NC_015700	ATT	2	6	863	868	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202322
21	NC_015700	TAA	2	6	965	970	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202322
22	NC_015700	GTT	2	6	1007	1012	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202322
23	NC_015700	ATT	2	6	1014	1019	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202322
24	NC_015700	TTC	2	6	1048	1053	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338202322
25	NC_015700	TAA	2	6	1125	1130	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202322
26	NC_015700	GCTTTA	2	12	1135	1146	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	338202322
27	NC_015700	AAATTC	2	12	1203	1214	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	338202322
28	NC_015700	AT	3	6	1241	1246	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015700	AT	3	6	1261	1266	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_015700	AAC	2	6	1276	1281	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_015700	AACCT	2	10	1330	1339	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
32	NC_015700	T	6	6	1354	1359	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_015700	G	8	8	1360	1367	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
34	NC_015700	AACTT	2	10	1380	1389	40 %	40 %	0 %	20 %	338202323
35	NC_015700	AGC	2	6	1464	1469	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	338202323
36	NC_015700	TG	3	6	1500	1505	0 %	50 %	50 %	0 %	338202323
37	NC_015700	TG	3	6	1535	1540	0 %	50 %	50 %	0 %	338202323
38	NC_015700	TTG	2	6	1664	1669	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202323
39	NC_015700	TAA	2	6	1814	1819	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202323
40	NC_015700	TTGCC	2	10	1840	1849	0 %	40 %	20 %	40 %	338202323
41	NC_015700	CGG	2	6	1872	1877	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	338202323
42	NC_015700	GTT	2	6	1951	1956	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202323
43	NC_015700	TA	4	8	1995	2002	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_015700	TTA	2	6	2043	2048	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_015700	GTT	2	6	2137	2142	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
46	NC_015700	AT	3	6	2143	2148	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_015700	GGA	2	6	2150	2155	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_015700	AAT	2	6	2164	2169	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_015700	A	6	6	2189	2194	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_015700	CCG	2	6	2214	2219	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	338202324
51	NC_015700	TAA	2	6	2283	2288	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202324
52	NC_015700	A	6	6	2296	2301	100 %	0 %	0 %	0 %	338202324
53	NC_015700	GAT	2	6	2334	2339	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202324
54	NC_015700	ATA	2	6	2343	2348	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202324
55	NC_015700	AAG	2	6	2427	2432	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
56	NC_015700	TGT	2	6	2452	2457	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_015700	CT	3	6	2493	2498	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
58	NC_015700	TCT	2	6	2571	2576	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338202325
59	NC_015700	GGC	2	6	2601	2606	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	338202325
60	NC_015700	CGG	2	6	2615	2620	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	338202325
61	NC_015700	GCGG	2	8	2731	2738	0 %	0 %	75 %	25 %	338202325
62	NC_015700	T	6	6	2768	2773	0 %	100 %	0 %	0 %	338202325
63	NC_015700	TGG	2	6	2790	2795	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	338202325
64	NC_015700	CAT	2	6	2811	2816	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202325
65	NC_015700	GA	3	6	2861	2866	50 %	0 %	50 %	0 %	338202325
66	NC_015700	CAG	2	6	2875	2880	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	338202325
67	NC_015700	CCG	2	6	2940	2945	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	338202325
68	NC_015700	TAA	2	6	2963	2968	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202325
69	NC_015700	GTG	2	6	3129	3134	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	338202325
70	NC_015700	ACAG	2	8	3137	3144	50 %	0 %	25 %	25 %	338202325
71	NC_015700	GATG	2	8	3148	3155	25 %	25 %	50 %	0 %	338202325
72	NC_015700	GGC	2	6	3170	3175	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	338202325
73	NC_015700	ATGG	2	8	3184	3191	25 %	25 %	50 %	0 %	338202325
74	NC_015700	TGGC	2	8	3194	3201	0 %	25 %	50 %	25 %	338202325
75	NC_015700	AAC	2	6	3286	3291	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	338202325
76	NC_015700	A	6	6	3311	3316	100 %	0 %	0 %	0 %	338202325
77	NC_015700	CAG	2	6	3397	3402	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	338202325
78	NC_015700	GCA	2	6	3444	3449	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	338202325
79	NC_015700	TGGA	2	8	3588	3595	25 %	25 %	50 %	0 %	338202325
80	NC_015700	TC	3	6	3623	3628	0 %	50 %	0 %	50 %	338202325
81	NC_015700	TAGA	2	8	3679	3686	50 %	25 %	25 %	0 %	338202325
82	NC_015700	CGC	2	6	3689	3694	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	338202325
83	NC_015700	GCG	2	6	3740	3745	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	338202325
84	NC_015700	CATC	2	8	3786	3793	25 %	25 %	0 %	50 %	338202325
85	NC_015700	ATA	2	6	3829	3834	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202325
86	NC_015700	CGC	2	6	3863	3868	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	338202325
87	NC_015700	TCC	2	6	3872	3877	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	338202325
88	NC_015700	AAT	2	6	3926	3931	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202325
89	NC_015700	TCC	2	6	3980	3985	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	338202325
90	NC_015700	TGA	2	6	4020	4025	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202325
91	NC_015700	CGG	2	6	4032	4037	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	338202325
92	NC_015700	TTG	2	6	4097	4102	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202325
93	NC_015700	A	6	6	4238	4243	100 %	0 %	0 %	0 %	338202325
94	NC_015700	GGAA	2	8	4293	4300	50 %	0 %	50 %	0 %	338202325
95	NC_015700	GTCC	2	8	4351	4358	0 %	25 %	25 %	50 %	338202325
96	NC_015700	T	6	6	4369	4374	0 %	100 %	0 %	0 %	338202325
97	NC_015700	GTC	2	6	4430	4435	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338202325
98	NC_015700	ATT	2	6	4472	4477	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202325
99	NC_015700	TCC	2	6	4490	4495	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
100	NC_015700	CAG	2	6	4526	4531	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_015700	GAT	2	6	4553	4558	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
102	NC_015700	A	6	6	4660	4665	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_015700	TTTA	2	8	4723	4730	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_015700	T	6	6	4749	4754	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_015700	TA	3	6	4807	4812	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_015700	TTC	2	6	4823	4828	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_015700	CTG	2	6	4884	4889	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_015700	TTGG	2	8	4896	4903	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
109	NC_015700	GTG	2	6	4928	4933	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
110	NC_015700	AGAA	2	8	4971	4978	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
111	NC_015700	AT	3	6	4979	4984	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_015700	GGGA	2	8	4992	4999	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
113	NC_015700	CCG	2	6	5002	5007	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
114	NC_015700	TAGTG	2	10	5081	5090	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
115	NC_015700	TCTA	2	8	5098	5105	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
116	NC_015700	TTGC	2	8	5116	5123	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
117	NC_015700	ACT	2	6	5165	5170	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202326
118	NC_015700	CAT	2	6	5178	5183	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202326
119	NC_015700	GTT	2	6	5216	5221	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202326
120	NC_015700	GTT	2	6	5361	5366	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202326
121	NC_015700	TTG	2	6	5377	5382	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202326
122	NC_015700	ATT	2	6	5401	5406	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202326
123	NC_015700	ATA	2	6	5431	5436	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_015700	TTAT	2	8	5437	5444	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_015700	ATA	2	6	5459	5464	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_015700	TCT	2	6	5549	5554	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338202327
127	NC_015700	T	6	6	5594	5599	0 %	100 %	0 %	0 %	338202327
128	NC_015700	ATTAAG	2	12	5632	5643	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	338202327
129	NC_015700	AAGG	2	8	5701	5708	50 %	0 %	50 %	0 %	338202327
130	NC_015700	AAAT	2	8	5711	5718	75 %	25 %	0 %	0 %	338202327
131	NC_015700	ATAA	2	8	5776	5783	75 %	25 %	0 %	0 %	338202327
132	NC_015700	T	6	6	5863	5868	0 %	100 %	0 %	0 %	338202328
133	NC_015700	TAA	3	9	5926	5934	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202328
134	NC_015700	AGT	2	6	5939	5944	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202328
135	NC_015700	CTT	2	6	5978	5983	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338202328
136	NC_015700	ATG	2	6	6023	6028	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202328
137	NC_015700	GTTG	2	8	6036	6043	0 %	50 %	50 %	0 %	338202328
138	NC_015700	CA	3	6	6076	6081	50 %	0 %	0 %	50 %	338202328
139	NC_015700	CAC	2	6	6085	6090	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	338202328
140	NC_015700	TAAG	2	8	6139	6146	50 %	25 %	25 %	0 %	338202328
141	NC_015700	TAT	2	6	6180	6185	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_015700	ATAA	2	8	6207	6214	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_015700	TCA	2	6	6283	6288	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202329
144	NC_015700	CGC	2	6	6410	6415	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	338202329
145	NC_015700	AAAT	2	8	6609	6616	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_015700	ATC	2	6	6677	6682	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202331
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150	NC_015700	TAA	2	6	6883	6888	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202331
151	NC_015700	ACT	2	6	6956	6961	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202331
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153	NC_015700	TAAA	2	8	7094	7101	75 %	25 %	0 %	0 %	338202331
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254	NC_015700	GTCG	2	8	12135	12142	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
255	NC_015700	CTG	2	6	12145	12150	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.